中心根据《高等学校实验室工作规则》、国家和学校有关部门制定的相关规定，制定了一系列实验室管理文件及切实可行的管理制度，使实验教学和管理有章可循，保证了实验中心管理的制度化、规范化、科学化。其管理制度如下：
1、 高等学校仪器设备管理办法
2、 工程力学虚拟仿真实验教学中心开放式实验教学管理条例
3、 工程力学虚拟仿真实验教学中心实验室安全卫生管理制度
4、 工程力学虚拟仿真实验教学中心实验仪器操作规程总则
5、 工程力学虚拟仿真实验教学中心学生实验守则
6、 烟台大学本科生实验教学管理规定
7、 烟台大学基础课实验教学中心管理条例
8、 烟台大学基础课实验教学中心主任职责
9、 烟台大学教学实验室开放管理办法
10、烟台大学教学实验室设置办法
11、烟台大学实验教学与实验技术成果奖励办法
12、烟台大学实验室各级人员岗位职责
13、烟台大学实验室工作档案管理办法
14、烟台大学实验室工作条例
15、烟台大学实验室技术安全管理规定
16、烟台大学实验室建设项目经费管理办法
17、烟台大学实验室开放基金管理办法
18、烟台大学先进实验教学人员评选实施办法
19、烟台大学学生实验守则